Năm 1990, một phần hài cốt của ông được đưa từ Bắc Cạn về Nghĩa trang Mai Dịch - Hà Nội. Tháng 5 năm 2008, một phần hài cốt (phần đầu) ông do nhân dân huyện Ngân Sơn mai táng trước đây, đã được tìm thấy tại tiểu khu 1, thị trấn Vân Tùng, huyện Ngân Sơn, tỉnh Bắc Kạn [1][2]. Tuy nhiên một thời gian sau, cơ quan truyền thông đưa tin kết quả giám định đó không phải là hài cốt của ông mà là mảnh sành vụn và xương lợn.[3] Trong buổi giao lưu trực tuyến "Sự thật về nhà ngoại cảm" tại trụ sở Báo Năng lượng Mới - PetroTimes sáng ngày 1 tháng 11 năm 2013, người thân liệt sĩ Phùng Chí Kiên rơi lệ xin lỗi nhà ngoại cảm Phan Thị Bích Hằng.[4][5]

Năm 1994, liệt sĩ Phùng Chí Kiên được truy tặng Huân chương Chiến công hạng ba [6]. Hơn 62 năm sau ngày mất, tháng 11 năm 2003, ông được Chính phủ Việt Nam và Đảng Cộng sản Việt Nam ra quyết định phong là cán bộ quân đội cấp tướng [1].

Tên của ông đã được đặt cho các con đường ở Hà Nội, Vinh, Đồng Hới, Huế, Thái Nguyên, Hải Dương, Lào Cai và Lạng Sơn.